1. 学位认证的复杂性：不同国家和教育体系的学位认证标准不同，双证博士可能需要花费更多时间和精力来完成学位的认证和审核。

2. 学术资历的认可度：在某些科研领域，双证博士的学术资历可能不被完全认可，特别是在涉及特定专业知识和技能的科研项目中。

3. 申请流程的复杂性：双证博士在申请科研项目时，可能需要提供更多的证明材料，如学位认证文件、学术成果清单等，这增加了申请的复杂性。

4. 学术水平的争议：由于在职博士的学习方式是在职学习，相对于全日制博士生来说，学习时间和精力可能受到限制，因此其学术水平和研究能力可能存在差异。由于在职博士证书的招生标准和课程设置可能存在差异，因此其学术水平和学位的认可度也可能存在差异。

5. 学位认证的争议：在职博士证书的学位认证也存在争议。由于在职博士证书的招生和培养方式不同于传统的博士教育，因此其学位认证标准和程序可能存在差异。一些未经认证的机构或个人可能会通过非法手段获得学位证书，这些证书可能被认为是“假”的。

6. 就业前景的争议：在职博士证书的就业前景也存在争议。虽然在职博士证书能够证明持有者的学术能力和专业水平，但在一些领域中，相对于全日制博士生来说，其认可度可能较低。一些用人单位可能会对在职博士证书持有者的实际工作经验和能力提出更高的要求，这可能会对持有者的就业前景造成一定的限制。

为了提高双证博士学位证书的认可度和科研项目申请成功率，申请者可以采取以下措施：

撰写高质量的科研项目申请书：在申请科研项目时，撰写高质量的申请书，突出双证博士的学术背景、研究经验和创新思路，可以提高申请的成功率。